يعتبر قسم الجراحة من الأعمدة الرئيسة في مستشفى جامعة المنصورة منذ تأسيسه إذ يعتبر مدرسة متميزة في الجراحة على المستوى المصري ويتألف القسم من عدة وحدات أهمها:

وحدة الغدد الصماء وبها نخبة من الأساتذة المتخصصين في جراحات الغدد الصماء.

وحدة الطوارئ وبها نخبة من الأساتذة المتخصصين في الحوادث وجراحات الطوارئ.

وحدة القولون والشرج وبها نخبة من الأساتذة المتخصصين في جراحات القولون والشرج.

وحدة جراحة الجهاز الهضمي وبها نخبة من الأساتذة المتخصصين في جراحات الجهاز الهضمي وزراعة الكبد.