أهم المجالات البحثيه فى القسم :
1-  فى مجال إستئصال المثانة وتحويل مجرى البول

يعتبر قسم جراحة المسالك البولية رائداً فى هذا المجال حيث يجرى جراحة إستصال المثانة وتحويل مجرى البول بمعدل 20 جراحة شهرياً
وقد أجري حتى الآن أكثر من 1500 جراحة لاستئصال المثانة وتحويل مجرى البول وتبلغ نسبة بقاء المريض على قيد الحياة 5 سنوات أكثر من 40 %

2-  فى مجال زراعة الكلى 

أجريت أول جراحة لزرع كلى من متبرع حي عام 1977 فى قسم المسالك بالمستشفى الجامعى ،وحتى الآن أجريت 1500 عملية زرع كلى وتبلغ نسبة النجاح أكثر من 90% عند نهاية السنة الأولى .

3-  فى مجال مناظير الجهاز البولى

تجرى جراحات إستئصال الأورام السطحية من المثانة بالمنظار وكذلك حصوات المثانة والحالب والكلى بالمنظار إبتداءاً من عام 1992، تجرى عمليات إستئصال الكلى بمنظار البطن وكذلك إستئصال المثانه منذ عام 2003 .

4- فى مجال جراحة الأطفال

يوجد قسم كامل لجراحات المسالك البولية فى الأطفال يحتوى على 20 سرير وتجرى به جراحات العيوب الخلقيه البسيطة (مثل أحليل البول) وحتى العيوب الخلقية الكبرى مثل المثانة المنتبذه .

5-  فى مجال السلس البولى

تجرى جراحات لعلاج السلس البولى عند السيدات منذ  1993 حيث أجريت حتى الآن أكثر من 300 جراحة لإصلاح السلس الإجهادى وأكثر من 60 جراحة لإصلاح عيوب مجرى البول الخلقيه عند الفتيات كما يتم إجراء جراحات لإصلاح السلس البولى الناتج عن إستئصال البروستاتا.

6- وحدة ديناميكية التبول

أنشئت الوحده بشكل مستقل فى أكتوبر 1998  أجرى بها حتى الآن حوالى 21000 فحص سرعة تبول وأكثر من 3500 فحص ديناميكية تبول متداخله.
وتساعد الوحده فى تشخيص السلس البولى وعيوب التبول الوظيفيه وكذلك تقييم جراحات السلس البولى فى الرجال والسيدات